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《证类本草》卷第二: 序例下; 玉石上、中、下部; 草药上、中、下部; 木药上、中、下部; 兽上、中、下部; 虫鱼上、中、下部; 果上、下部; 菜上、中部; 米上、中部
《证类本草》卷第三: 丹砂; 云母; 玉屑; 玉泉; 石钟乳; 矾石; 硝石; 芒硝; 朴硝; 玄明粉; 马牙硝; 生硝; 滑石; 石胆; 空青; 曾青; 禹余粮; 太一余粮; 白石英; 紫石英; 青石脂; 赤石脂; 黄石脂; 白石脂; 黑石脂; 白青; 绿青; 石中黄子; 无名异; 菩萨石; 婆娑石; 绿矾; 柳絮矾; 扁青; 卷三（短集之）
《证类本草》卷第四: 雄黄; 石硫黄; 雌黄; 食盐; 水银; 石膏; 金屑; 银屑; 生银; 灵砂; 水银粉; 磁石; 玄石; 绿盐; 凝水石; 阳起石; 孔公孽; 殷孽; 密陀僧; 铁精; 铁浆; 秤锤; 铁华粉; 生铁; 铁粉; 铁落; 钢铁; 铁; 石脑; 理石; 珊瑚; 石蟹; 长石; 马衔; 砺石; 石花; 桃花石; 光明盐; 石床; 肤青; 玛瑙; 太阴玄精; 卷四（短集之）; 诸土有毒
《证类本草》卷第五: 伏龙肝; 锻石; 石; 砒霜; 铛墨; 砂; 铅丹; 铅; 粉锡; 东壁土; 赤铜屑; 锡铜镜鼻; 铜青; 井底沙; 代赭; 石燕; 戎盐; 大盐; 卤咸; 浆水; 井华水; 菊花水; 地浆; 腊雪; 泉水; 半天河; 热汤; 白垩; 冬灰; 青琅; 自然铜; 金牙; 铜矿石; 铜弩牙; 金星石; 特生石; 握雪石; 梁上尘; 土阴孽; 车脂; ?（音工）中膏; 灶灰; 淋石; 方解石; 礞石; 姜石; 井泉石; 苍石; 花乳石; 石蚕; 石脑油; 白瓷瓦屑; 乌古瓦; 不灰木; 蓬砂; 铅霜; 古文钱; 蛇黄; 玉井水; 卷五（短集之）; 诸水有毒
《证类本草》卷第七: 蓝实; 芎; 蘼芜; 黄连; 络石; 蒺藜子; 黄; 肉苁蓉; 防风; 蒲黄; 香蒲; 续断; 漏芦; 营实; 天名精; 决明子; 丹参; 茜根; 飞廉; 五味子; 旋花; 兰草; 忍冬; 蛇床子; 地肤子; 千岁; 景天; 茵陈蒿; 杜若; 沙参; 白兔藿; 徐长卿; 石龙刍; 薇衔; 云实; 王不留行; 卷七（短集之）
《证类本草》卷第八: 干姜; 生姜; ?（私以切）耳实; 葛根; 葛粉; 栝蒌; 苦参; 当归; 麻黄; 通草; 芍药; 蠡（音礼）实; 瞿（音劬）麦; 玄参; 秦艽（胶字）; 百合; 知母; 贝母; 白芷; 淫羊藿; 黄芩; 狗脊; 石龙芮; 茅根; 紫菀; 紫草; 前胡; 败酱; 白藓; 酸浆; 紫参; 本; 石苇; 萆; 杜衡; 白薇; 菝（蒲八切）?（弃八切）; 大青; 女萎; 石香; 卷八（短集之）
《证类本草》卷第九: 艾叶; 恶实; 水萍; 王瓜; 地榆; 大小蓟根; 海藻; 泽兰; 昆布; 防己; 天麻; 阿魏; 高良姜; 百部根; ？（音怀）香子; 款冬花; 红蓝花; 牡丹; 京三棱; 姜黄; 荜茇; ？（音矩）酱; 萝摩子; 青黛; 郁金; 芦荟; 马先蒿; 延胡索; 肉豆蔻; 补骨脂; 零陵香; 缩沙蜜; 蓬莪术; 积雪草; 白前; 荠; 白药; 荭（音红）草; 莎草根; 荜澄茄; 胡黄连; 红豆蔻; 艾香; 甘松香; 垣衣; 陟厘（音离）; 凫葵; 女菀; 土马鬃; 蜀羊泉; 菟葵; 鳢肠; 茅香花; 使君子; 王孙; 莳萝; 白豆蔻; 翦草; 卷九（短集之）
《证类本草》卷第十: 附子; 乌头; 天雄; 侧子; 半夏; 虎掌; 由跋; 鸢尾; 大黄（将军）; 葶苈; 桔梗; 莨（音浪）菪（音荡）子; 草蒿; 旋复花; 藜芦; 钩吻; 射（音夜）干; 蛇全（合是含字）; 常山; 蜀漆; 甘遂; 白蔹; 青葙子; ？（音桓）菌（音郡）; 白芨; 大戟; 泽漆; 茵芋; 赭（音者）魁; 贯众; 荛（音饶）花; 牙子; 及己; 羊踯躅; 卷十（短集之）
《证类本草》卷第十一: 何首乌; 商陆; 威灵仙; 牵牛子; 蓖（音卑）麻子; 蒴; 天南星; 羊蹄; 菰根; ？（音褊）蓄; 野狼毒; ？（音喜）（音）; 马鞭草; 苎根; 白头翁; 甘蕉根; 芦根; 鬼臼; 角蒿; 马兜铃; 仙茅; 羊桃; 鼠尾草; 女青; 胡麻鞋底; 刘寄奴草; 骨碎补; 连翘; 续随子; 败蒲席; 山豆根; 三白草; ？（音闾）茹（音如）; 蛇莓（音每）汁; 金星草; 草; 鹤虱; 地菘; 燕麦; 甑带灰; 赤地利; 乌韭; 白附子; 紫葛; 独行根; 猪膏莓（音每）; 鹿藿; 蚤（音早）休; 石长生; 乌蔹（音敛）莓; 陆英; 预知子; 葫芦巴; 弓弩弦; 木贼; 荩（音烬）草; 蒲公草; 谷精草; 牛扁（音褊）; 苦（音袄）; 酢浆草; 昨叶何草; ？（音弱）头; 夏枯草; 卷十一（短集之一）; 卷十一（短集之二）; 诸草有毒
《证类本草》卷第十二: 桂; 牡桂; 菌桂; 松脂; 槐实; 槐胶; 槐花; 枸杞; 柏实; 茯苓; 琥珀; 榆皮; 酸枣; 柏木（黄柏也）; 楮实; 干漆; 五加皮; 牡荆实; 蔓荆实; 辛夷; 桑上寄生; 杜仲; 枫香脂; 女贞实; 木兰; 蕤核; 丁香; 沉香; 熏陆香; 鸡舌香; 藿香; 詹糖香; 檀香; 乳香; 降真香; 苏合香; 金樱子; 卷十二（短集之）
《证类本草》卷第十三: 桑根白皮; 竹叶; 吴茱萸; 槟榔; 栀子; 紫矿骐竭; 龙脑香及膏香; 食茱萸; 芜荑; 枳壳; 枳实; 浓朴; 茗、苦？; 秦皮; 秦椒; 山茱萸; 紫薇（音威）; 胡桐泪; 墨; 棘刺花; 猪苓; 白棘; 乌药; 没药; 龙眼; 安息香; 仙人杖; 松罗; 毗梨勒; 庵（音谙）摩勒; 郁金香; 卫矛; 海桐皮; 大腹; 紫藤; 合欢; 虎杖根; 五倍子; 伏牛花; 天竺黄; 密蒙花; 卷十三（短集之）
《证类本草》卷第十四: 巴豆; 蜀椒; 皂荚; 诃梨勒; 柳华; 楝实; 椿木叶; 郁李仁; 莽草; 无食子; 黄药根; 雷丸; 槲（音斛）若; 白杨树皮; 桄（音光）榔（音郎）子; 苏方木; 榉树皮; 桐叶; 胡椒; 钓樟（音草）根皮; 千金藤; 南烛枝叶; 无患子皮; 梓白皮; 橡实; 石南; 木天蓼; 黄环; 益智子; 溲（音搜）疏; 鼠李; 椰子皮; 枳（音止）（音矩）; 小天蓼; 小柏; 荚（音迷）; 紫荆木; 紫真檀; 乌臼木根皮; 南藤; 盐麸子; 杉材; 接骨木; 枫（音风）柳皮; 赤爪（侧绞切）木; 桦木皮; 藤子; 榧（音匪）实; 栾荆; 扶木皮; 木鳖子; 药实根; 钓藤; 栾华; 卷十四（短集之一）; 棕榈子; 木槿; 芫花; 榈木皮; 楸木皮; 卷十四（短集之二）; 诸木有毒
《证类本草》卷第十五: 发（音被）; 乱发; 人乳汁; 头垢; 人屎; 人溺; 溺白（鱼靳切）; 怀妊妇人爪甲; 天灵盖; 卷十五（短集之）
《证类本草》卷第十六: 龙骨; 麝香; 牛黄; 熊脂; 象牙; 白胶; 阿胶; 羊乳; 牛乳; 酥（音苏）; 酪; 醍醐; 马乳; 卷十六（短集之）
《证类本草》卷第十七: 白马茎; 鹿茸; 牛角; 羊角; 牡狗阴茎; 羚羊角; 犀角; 虎骨; 兔头骨; 狸骨; 獐骨; 豹肉; 笔头灰; 卷十七（短集之）
《证类本草》卷第十八: 豚卵; 麋脂; 驴屎; 狐阴茎; 獭肝; ?（音湍）肉、胞、膏; 鼹（音偃）鼠; ?（音羸）鼠; 野猪黄; 豺皮; 腽肭脐; 麂（音纪）; 野驼脂; 猕猴; 败鼓皮; 六畜毛蹄甲; 卷十八（短集之）; 诸肉有毒
《证类本草》卷第十九: 禽上; 禽中; 禽下; 诸鸟有毒
《证类本草》卷第二十虫鱼上品: 石蜜; 蜂子; 蜜蜡; 牡蛎; 龟甲; 秦龟; 珍珠; 玳瑁; 桑螵蛸; 石决明; 海蛤; 文蛤; 魁蛤; 蠡（音礼）鱼; ？（音夷又音题）鱼; 鲫鱼; 鳝（音善）鱼; 鲍鱼; 鲤鱼胆; 卷二十（短集之）
《证类本草》卷第二十一虫鱼中品: ？皮; 露蜂房; 鳖甲; 蟹; 蚱（音笮又音侧）蝉; 蝉花; 蛴螬; 乌贼鱼骨; 原蚕蛾; 蚕退; 缘桑螺; 白僵蚕; 鳗（音鳗）鲡（音黎）鱼; ?（音驼）鱼甲; 樗（丑如切）鸡; 蛞（音阔）蝓（音俞）; 蜗牛; 石龙子; 木虻（音萌）; 蜚虻; 蜚蠊（音廉）; ?（音拓）虫; 鲛鱼皮; 白鱼; 鳜（居卫切）鱼; 青鱼; 河豚（音屯）; 石首鱼; 嘉鱼; 紫贝; 卷二十一（短集之）; 诸虫有毒
《证类本草》卷第二十二虫鱼下品: 虾（音遐）蟆（音麻）; 牡鼠; 马刀; 蛤蜊（音梨）; 蚬（音显）; 蚌; 卷二十二（短集之一）; 淡菜; 虾; 蚺（音髯）蛇胆; 蛇蜕（音税）; 蜘蛛; 蝮蛇胆; 白颈蚯蚓; ?（音噎）?（乌红切）; 葛上亭长; 蜈蚣; 蛤蚧; 水蛭（音质）; 斑蝥; 田中螺汁; 贝子; 石蚕; 雀瓮; 白花蛇; 乌蛇; 金蛇; 蜣螂; 五灵脂; 蝎; 蝼（音娄）蛄（音姑）; 马陆; 蛙; 鲮鲤甲; 芫青; 地胆; 珂; 蜻（音青）蛉（音零）; 鼠妇; 萤火; 甲香; 衣鱼; 卷二十二（短集之二）
《证类本草》卷第二十三果上品: 豆蔻; 藕实茎; 桔柚; 大枣; 仲思枣; 葡萄; 栗; 蓬（力轨切）; 覆盆子; 芰（单伎）实; 橙子皮; 樱桃; 鸡头实
《证类本草》卷第二十三果中品: 梅实; 木瓜实; 柿; 芋; 乌芋; 枇杷叶; 荔枝子; 乳柑子; 石蜜; 甘蔗（音柘）; 沙糖; ？（音卑）柿
《证类本草》卷第二十三果下品: 桃核仁; 杏核仁; 安石榴; 梨; 林檎; 李核仁; 杨梅; 胡桃; 猕猴桃; 海松子; 柰; 庵罗果; 橄（音敢）榄（音览）; 卷二十三（短集之）
《证类本草》卷第二十四: 胡麻; 青（音箱）; 麻（音坟）; 胡麻油; 白油麻; 饴（音贻）糖; 灰
《证类本草》卷第二十五: 生大豆; 赤小豆; 大豆黄卷; 酒; 粟米; 秫米; 粳米; 青粱米; 黍米; 丹黍米; 白粱米; 黄粱米; 米; 舂杵头细糠; 小麦; 大麦; 曲; 麦; 荞麦; 扁豆; 豉; 绿豆; 白豆
《证类本草》卷第二十六: 醋; 稻米; 稷米; 腐婢; 酱; 陈廪米; 罂子粟; 卷二十六（短集之）
《证类本草》卷第二十七: 冬葵子; 苋实; 胡荽; 芜菁及芦菔; 瓜蒂; 白冬瓜; 白瓜子; 甜瓜; 芥; 莱菔（音卜）根; 菘（音嵩）; 苦菜; 荏子; 黄蜀葵花; 蜀葵; 罗勒; 龙葵; 胡瓜叶; 越瓜; 白芥; 苦耽; 苦苣; 苜蓿; 荠; 蕨叶; 卷二十七（短集之）
《证类本草》卷第二十八: 蓼实; 葱实; 韭; ?（音甜）菜; 假苏; 白荷; 苏; 水苏; 香薷（音柔）; 薄荷; 秦荻梨; 醍醐菜
《证类本草》卷第二十九: 苦瓠; 葫; 蒜; 胡葱; 水芹（音芹）; 马齿苋; 茄子; 蘩蒌; 鸡肠草; 白苣; 卷二十九（短集之）
《证类本草》卷第三十: 卷三十（短集之一）; 卷三十（短集之二）; 卷三十（短集之三）