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《医述》卷一·医学溯源: 养生; 稽古; 阴阳; 水火; 生克; 运气; 脏腑（附：腔子、脂膜）; 经络（附：骨、筋、爪、皮、肌、肉、腠理、窍）
《医述》卷二·医学溯源: 望色; 聆音; 辨脉; 审证; 治法; 医则; 病箴
《医述》卷三·伤寒提钩: 伤寒提钩
《医述》卷四·伤寒析疑: 倒序; 错简; 传误; 脱佚; 衍文; 字讹; 注辨; 方考; 会通; 问难; 阙疑
《医述》卷五·杂证汇参: 伤风; 暑; 湿; 燥; 温热; 疫; 斑疹痧
《医述》卷六·杂证汇参: 中风; 类中; 虚劳; 血证; 吐咳血; 衄血; 便血; 溺血
《医述》卷七·杂证汇参: 脾胃; 饮食; 噎隔反胃; 呕吐（附吐矢）; 吞酸; 呃; 三消; 嘈杂; 关格; 郁
《医述》卷八·杂证汇参: 疟; 肿胀; 痞满; 积聚; 疸; 霍乱; 痧胀
《医述》卷九·杂证汇参: 痢; 泻（附肠鸣）; 大便; 小便; 遗精; 淋浊; 阳痿; 疝; 脱肛
《医述》卷十·杂证汇参: 痰; 饮; 咳嗽; 喘（附短气少气）; 哮; 喑; 惊恐怔忡; 健忘; 不寐（附欠）; 癫狂痫; 厥; 肝风; 眩晕; 汗
《医述》卷十一·杂证汇参: 面; 脑; 须发眉; 目; 口（附唇）; 舌; 齿; 鼻（附嚏）; 耳; 咽喉; 头痛; 颈项强痛; 肩背臂痛; 心胃痛; 腹痛（附脐痛）; 胁痛; 腰腿痛; 诸痛
《医述》卷十二·杂证汇参: 痉; 痿（附拘挛、瘫痪）; 痹（附麻木、痒、鹤膝风）; 脚气; 胸痹; 肺痹; 肺痿肺痈; 诸虫; 邪祟; 诈病; 补遗
《医述》卷十三·女科原旨: 月经; 求嗣; 带下; 崩漏; 胎前; 堕胎半产; 临产; 产后; 杂病
《医述》卷十四·幼科集要: 纲领; 初生; 胎证; 惊风证治总论; 杂病
《医述》卷十五·痘疹精华: 痘科纲领; 因期施治; 证治要略; 余义; 疹
《医述》卷十六·方药备考