《药征》曰：「黄连，主治心中烦悸也，兼治心下痞，吐下，腹中痛。」
此说为至论，已有定评，余亦赞之。但言简而旨深，初学者不易通晓，故为释之。此心中烦悸，有二种意义：其一，当心脏部触诊时，有热状，即为充血或炎证之征，而疾速之心悸动，应于手里。其二，由脑之充血或炎证，致精神不安，是以「心中烦悸」四字，为此二意义之代表的术语，但于现代难通耳。然本药之性能不漏，且无含蓄，故余将上文改窜之。黄连者，由心脏部之触诊，而有充血或炎证之象征，及心悸动疾速之情状，与头腔内外之脏器组织，由充血或炎证而有刺激症状者为主目的，心下痞，吐下，腹中痛，出血等之证候为副目的而可用之。尚须参照下说，乃可扩充本药之用途。
《本草纲目》曰
黄连根
【气味】苦寒，无毒。
【主治】热气目痛，眦伤泣出(求真按：「泣者，有泪无声之意，即与流泪同义」)，明目。肠澼腹痛，下痢，妇人阴中肿痛。(《本经》)
主五脏冷热，久下泄澼脓血(求真按：「此脓血为黏血便之意」)，止消渴、大惊，除水，利骨(求真按：「本药治湿热，非利尿作用也」)，开胃，厚肠(求真按：「开胃者，健胃作用之意。厚肠者，收敛作用之义也」)，益胆(求真按：「是强神经作用之谓也」)，疗口疮。(《别录》)
治五劳七伤。益气，止心腹痛、惊悸烦躁，润心肠，长肉，止血(求真按：「本药之止血作用为其消炎收敛作用之归结也」)，天行热疾，止盗汗，并疗疮疥(求真按：「本药治疗以上诸证者，皆其消炎作用所致」)、小儿疳气，杀虫。(大明)
治郁热在中，烦躁，恶心兀兀欲吐，心下痞满。(元素)
主心病，逆而盛，心积伏梁。(好古)
去心窍恶血，解服药过剂烦闷及巴豆、轻粉之毒。(时珍)
求真按：「由好古氏云主心积伏梁、时珍氏云去心窍恶血观之，则本药对于脑及心脏，有消炎止血作用可知矣。」
【发明】
元素曰：「黄连性寒，味苦，气味俱厚。其用有六：泻心脏火，一也。去中焦湿热，二也。诸疮必用，三也(求真按：「诸疮不必用之」)。去风湿，四也(求真按：「此药无去风湿之能」)。治赤眼暴发，五也。止中部见血，六也(求真按：「血管系有充血或炎证之因而出血者，不问中部与否，此药均能治之」)。」
成无己曰：「苦入心，寒胜热。黄连、大黄之苦寒，以导心下之虚热(求真按：『黄连虽不无导心下之虚热，但大黄则不然』)。」
震亨曰：「黄连，去中焦湿热而泻心火。…下痢，胃口热噤口者，用黄连人参煎汤，终日呷之。如吐，再强饮。但得一呷下咽，便好。」
刘完素曰：「古方以黄连为治痢之最。…诸苦寒药多泄，惟黄连性冷而燥，能降火去湿而止泻痢，故治痢以之为君。」
杲曰：「诸痛痒疮疡，皆属心火。凡诸疮，以黄连、当归为君。…凡眼暴发赤肿，不可忍者，宜黄连、当归(求真按：「诸疮及眼疾，此二药非特效，惟用此二药之处颇多耳」)。宿食不消，心下痞满者，须用黄连、枳实。」
《本草备要》曰：「黄连，大苦，大寒，入心泻火(王海藏曰：「泻心实宜泻脾也」)，镇肝，凉血，燥湿，开郁，除烦，解渴，益肝胆，厚肠胃，消心瘀，治肠澼、泻痢(便血曰澼…，湿热郁而为痢，黄连为治痢之要药)、痞满(燥湿开郁)、腹痛(清火)、心痛伏梁(心积)、目痛、眦伤、痈疮、疮疥、酒毒、胎毒，明目，定惊，除疳，杀蛔(蛔得甘则动，得苦则伏)。虚寒病者，禁用。」
