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《本草衍义》卷四: 玉泉; 丹砂; 空青; 绿青; 云母; 石钟乳; 朴硝; 芒硝; 硝石; 英硝; 矾石; 滑石; 紫石英; 白石英; 赤石脂; 白石脂; 石中黄子; 婆娑石; 无名异; 菩萨石
《本草衍义》卷五: 金屑; 银屑; 水银; 水银粉; 雄黄; 雌黄; 石硫黄; 阳起石; 飞水石; 石膏; 磁石; 理石; 铁矿; 食盐; 太阴玄精石; 密陀僧; 桃花石; 花乳石; 珊瑚; 马脑; 石花; 石蟹; 石蛇
《本草衍义》卷六: 青琅; 石、特生石; 代赭; 大盐; 戎盐; 铅丹; 粉锡; 铅霜; 古文钱; 金牙; 锻石; 冬灰; 伏龙肝; 半天河水; 菊花水; 浆水; 热汤; 砂; 蓬砂; 姜石; 自然铜; 石燕; 砒霜; 浮石; 金星石、银星石; 石脑油
《本草衍义》卷七: 赤箭; 天门冬; 麦门冬; 苍术; 地黄; 菖蒲; 泽泻; 山药; 菊花; 甘草; 人参; 石斛; 牛膝; 细辛; 柴胡; 薏苡仁; 车前; 茺蔚子; 木香; 菟丝子; 巴戟天
《本草衍义》卷八: 肉苁蓉; 蒺藜; 防风黄; 千岁; 黄连; 蓝实; 景天; 蒲黄; 兰草; 茵陈蒿; 决明子; 芎; 五味子; 旋花
《本草衍义》卷九: 当归; 芍药; 生姜; 麻黄; 葛根; 栝楼实; 苦参; 石龙芮; 瞿麦; 白芷; 杜蘅; 紫菀; 百合; 酸浆; 蠡实; 石香
《本草衍义》卷十: 款冬花; 牡丹; 女苑; 泽兰; 地榆; 白前; 土瓜; 荠; 积雪草; 莎草; 恶实; 大小蓟; 艾叶; 陟厘; 菟葵; 白药; 香子; 郁金; 肉豆蔻; 茅香; 青黛; 零陵香; 天麻; 荜茇; 使君子; 密蒙花
《本草衍义》卷十一: 大黄; 桔梗; 甘遂; 葶苈; 荛花; 旋覆花; 藜芦; 乌头、乌喙、天雄、附子、侧子; 射干; 半夏; 蜀漆; 常山; 青葙子; 白蔹白芨; 草蒿
《本草衍义》卷十二: 连翘; 白头翁; 茹; 羊蹄; 蒴; 夏枯草; 蚤休; 虎杖; 马勃; 虬莓; 苎根; 菰根; 莸草; 牵牛子; 蓖麻子; 草; 独行根; 芭蕉; 蒲公草; 水红子; 水蓼; 角蒿; 雀麦; 骨碎补; 马兜零; 灯心草; 威灵仙; 何首乌; 五倍子; 金樱子; 萱草; 葫芦巴; 金星草; 木贼
《本草衍义》卷十三: 茯苓; 琥珀; 松黄; 柏; 桂; 枫香; 干漆; 蔓荆实; 桑寄生; 沉香木; 熏陆香; 丁香; 柏木; 辛夷; 榆皮; 芜荑; 酸枣; 槐实; 槐花; 枸杞
《本草衍义》卷十四: 龙眼; 浓朴; 猪苓; 竹叶; 枳实; 山茱萸; 吴茱萸; 栀子; 槟榔; 合欢花; 秦椒; 卫矛; 紫葳; 芜荑; 茗苦; 桑根白皮; 白棘; 龙脑; 庵摩勒; 紫; 天竹黄; 天竺桂; 乌药; 没药; 墨
《本草衍义》卷十五: 石南叶; 蜀椒; 莽草; 郁李仁; 鼠李; 栾华; 杉; 楠材; 榧实; 榉木皮; 白杨; 栾荆; 紫荆木; 钩藤; 藤子; 皂荚; 柳华; 桐叶; 乌臼; 诃黎勒; 椿木华、椿樗; 胡椒; 橡实; 无石子; 槲若; 黄药; 无患子; 椰子; 桦木皮; 赤柽木; 木鳖子; 木槿; 棕榈木; 柘木
《本草衍义》卷十六: 发; 人乳汁; 人屎; 人溺; 人指甲; 龙骨; 牛黄; 麝; 象牙; 醍醐; 犀角; 羚羊角; 羊角; 牛角腮; 犬胆; 鹿茸; 虎骨; 豹肉; 狸骨; 兔; （音羸）鼠; 鼹鼠; 獭; 狐; ??; 野猪黄; 驴肉; 腽肭脐; 麂; 野驼; 败鼓皮; 丹雄鸡; （音牧）肪; 雁肪; 鹧鸪; 雉; 鹰屎白; 雀卵; 鹳; 伏翼; 孔雀; 鸬; 白鸽; 斑鹪; 鹑
《本草衍义》卷十七: 石蜜; 牡蛎; 桑螵蛸; 海蛤文蛤; 石决明; 真珠; 秦龟; 玳瑁; 鲤鱼; 蠡鱼; 鱼; 鳝鱼; 鲫鱼; 皮; 石龙子; 露蜂房; 樗鸡; 蚱蝉; 白僵蚕; 木虻; 虫; 蛴螬; 蛞蝓蜗牛; 水蛭; 鳖甲; 乌贼鱼; 蟹; 原蚕蛾; 蚕蜕; 鳗鲡鱼; 鲛鱼; 河豚; 紫贝; 鲈鱼; 虾麻; 蛙; 蛤蚧; 鲮鲤甲; 蜘蛛; 蜻蛉; 石蚕; 蛇蜕; 蛇黄; 金蛇; 乌蛇; 白花蛇; 蜈蚣; 马陆; （噎）（乌红）; 雀瓮; 鼠妇; 萤; 衣鱼; 白颈蚯蚓; 蝼蛄; 蜣螂; 斑蝥; 马刀; 贝子; 甲香; 蝎; 五灵脂
《本草衍义》卷十八: 豆蔻; 葡萄; 蓬; 覆盆子; 大枣; 鸡头实; 藕实; 芰; 栗; 樱桃; 橘柚; 乳柑子; 橙子皮; 梅实; 枇杷叶; 柿; 木瓜; 甘蔗; 石蜜; 沙糖; 芋; 乌芋; 荔枝; 杏核仁; 杏实; 桃核仁; 猕猴桃; 胡桃; 李核仁; 梨; 庵罗果; 安石榴; 橄榄; ??
《本草衍义》卷十九: 白瓜子; 白冬瓜; 瓜蒂; 甜瓜; 冬葵子; 蜀葵; 黄蜀葵花; 苋实; 苦菜; 莴苣; 芜菁、芦菔; 莱菔根; 菘菜; 芥; 苜蓿; 蓼实; 葱实; 薤; 韭; 白荷; 苏; 水苏; 假苏; 香薷; 薄荷; 蘩蒌; 葫; 蒜; 芸苔; 茄子; 马齿苋
《本草衍义》卷二十: 胡麻; 青（音箱）; 大麻子; 白油麻; 饴糖; 生大豆; 赤小豆; 大麦; 青、黄、白粱米; 粟米; 丹黍米; 米; 秫米; 陈廪米; 酒; 扁豆; 粳米; 稻米; 稷米; 罂子粟; 醋; 酱; 小麦