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《本草述钩元》卷一水部: 雨水; 潦水; 腊雪水; 井泉水; 地浆; 百沸汤; 生熟汤; 甑气水; 磨刀水; 浸蓝水; 染布水; 粘米泔水; 缫丝汤; 洗儿汤
《本草述钩元》卷二火部: 桑柴火; 炭火; 芦火竹火; 艾火; 灯火
《本草述钩元》卷三土部: 黄土; 东壁土; 道上热土; 粪坑底泥; 蚯蚓泥; 乌爹泥; 伏龙肝; 釜脐墨; 墨; 石碱
《本草述钩元》卷四五金部: 金箔; 银箔; 自然铜; 赤铜屑; 铜青; 铅; 铅霜; 铅丹; 铅粉; 密陀僧; 铁; 铁; 铁; 铁; 铁; 铁; 铁
《本草述钩元》卷五石部: 丹砂; 水银; 水银粉; 粉霜; 灵砂; 雄黄; 金牙石; 石膏; 滑石; 五色石脂; 阳起石; 白石英; 紫石英; 石钟乳; 太一余粮; 禹余粮; 浮石; 磁石; 代赭石; 石绿; 石胆; 礞石; 砒石; 花乳石; 石燕; 蛇含石
《本草述钩元》卷六卤石部: 食盐; 大盐; 戎盐; 凝水石; 元精石; 朴硝; 朴硝; 朴硝; 朴硝; 硝石; 硝石; 硝石; 砂; 蓬砂; 石硫黄; 矾石
《本草述钩元》卷七山草部: 甘草; 黄; 人参; 沙参; 桔梗; 荠; 葳蕤; 知母; 肉苁蓉; 锁阳; 天麻; 术; 术; 狗脊; 巴戟天; 远志; 淫羊藿; 元参; 地榆; 丹参; 紫参; 黄连; 黄芩; 秦艽; 柴胡; 前胡; 防风; 羌活独活; 羌活独活; 羌活独活; 苦参; 升麻; 延胡索; 贝母; 白茅根; 龙胆草; 细辛; 白前; 白藓皮; 贯众; 白头翁; 紫草; 白薇; 胡黄连; 仙茅; 白芨; 白蔹
《本草述钩元》卷八芳草部: 当归; 芎; 本; 白芷; 芍药; 牡丹皮; 木香; 高良姜; 缩砂密; 益智子; 甘松香; 白豆蔻; 草豆蔻; 肉豆蔻; 补骨脂; 姜黄; 郁金; 蓬莪术; 荆三棱; 香附子; 藿香; 香薷; 薄荷; 荆芥; 紫苏; 水苏; 蛇床子; 荜茇; 兰; 兰; 兰
《本草述钩元》卷九隰草部: 菊; 菊; 艾; 茵陈蒿; 青蒿; 茺蔚; 夏枯草; 旋复花; 刘寄奴; 红蓝花; 大蓟小蓟; 续断; 苎麻; 葫芦巴; 恶实; 耳; 猪膏母; 芦根; 麻黄; 木贼; 地黄; 牛膝; 紫菀; 根茸; 麦门冬; 葵; 款冬花; 酸浆; 鼠曲草; 决明子; 瞿麦; 葶苈子; 车前子; 连翘; 蓝; 青黛; 百合; 蕺; 蒺藜子; 谷精草; 海金沙; 灯心草; 天名精; 王不留行; 虎杖; 鳢肠; 蒲公英; 大青; 地肤子; 马蔺花; 子; 蓄
《本草述钩元》卷十毒草部: 大黄; 常山; 商陆根; 甘遂; 大戟; 芫花; 蓖麻子; 蓖麻叶; 藜芦; 附子; 草乌头; 半夏; 天南星; 射干; 白附子; 泽漆; 茵芋; 续随子; 野狼牙; 石龙芮; 曼陀罗花; 莽草
《本草述钩元》卷十一蔓草部: 菟丝子; 五味子; 覆盆子; 使君子; 木鳖子; 马兜铃; 牵牛子; 紫葳; 栝蒌; 葛根; 天门冬; 百部; 何首乌; 萆; 土茯苓; 山豆根; 威灵仙; 茜草根; 防己; 通草; 通脱木; 钩藤; 石南藤; 忍冬藤; 黄药子; 王瓜; 络石藤; 木莲; 五龙草
《本草述钩元》卷十二水草部: 泽泻; 石菖蒲; 蒲黄; 水萍; 海藻; 昆布
《本草述钩元》卷十三石草部: 石斛; 骨碎补; 石胡荽; 石苇; 地锦; 马勃; 卷柏
《本草述钩元》卷十四: 谷部
《本草述钩元》卷十四谷部: 胡麻; 大麻; 小麦; 粳; 稻; 黍; 大豆; 赤小豆; 绿豆; 扁豆; 刀豆; 粟; 粱; 秫; 薏苡仁; 罂粟; 淡豆豉; 陈廪米; 曲; 神曲; 红曲; 谷部; 饴糖; 醋; 酒
《本草述钩元》卷十五菜部: 韭; 薤; 白芥子; 莱菔; 葫; 葫; 姜; 胡荽; 茴香; 茄; 马齿苋; 薯蓣; 苦瓠; 白冬瓜; 木耳; 芸姜
《本草述钩元》卷十六五果部: 杏仁; 桃; 梅实; 大枣
《本草述钩元》卷十七山果部: 梨; 木瓜; 山楂; 柿; 陈橘皮; 青橘皮; 枇杷叶; 胡桃仁; 银杏
《本草述钩元》卷十八夷果部: 荔枝; 龙眼肉; 槟榔; 大腹子; 鸡距子
《本草述钩元》卷十九果之味部: 蜀椒; 吴茱萸; 胡椒; 荜澄茄; 盐麸子; 茗
《本草述钩元》卷二十果之部: 瓜蒂; 甘蔗; 木龙
《本草述钩元》卷二十一水果部: 莲藕; 芡实
《本草述钩元》卷二十二香木部: 柏; 松脂; 桂; 辛夷; 沉香; 丁香; 檀香; 降真香; 乌药; 乳香; 没药; 血竭; 龙脑香; 芦荟; 安息香; 苏合香; 阿魏; 胡桐泪; 白胶香
《本草述钩元》卷二十三乔木部: 黄柏; 厚朴; 杜仲; 椿樗; 海桐皮; 楝实; 槐; 秦皮; 皂荚; 无食子; 诃黎勒; 柽柳; 芜荑; 水杨; 苏方木; 棕榈皮; 巴豆; 干漆
《本草述钩元》卷二十四灌木部: 桑; 楮实
《本草述钩元》卷二十四: 枳
《本草述钩元》卷二十四枳: 栀子; 酸枣仁; 白棘; 山茱萸; 郁李仁; 女贞子; 冬青叶; 五加皮; 枸骨; 枸杞; 牡荆; 木芙蓉; 蔓荆子; 金樱子; 木棉仁; 石南叶; 南天烛; 紫荆皮; 柞木; 鬼箭羽
《本草述钩元》卷二十五寓木部: 茯苓; 茯苓; 茯神; 茯神; 琥珀; 猪苓; 桑寄生; 雷丸
《本草述钩元》卷二十六苞木部: 淡竹叶; 淡竹茹; 淡竹沥
《本草述钩元》卷二十七虫部: 蜂蜜; 蜜蜡; 露蜂房; 虫白蜡; 五倍子; 桑螵蛸; 白僵蚕; 原蚕; 蝎; 斑蝥; 水蛭; 虻虫; 虫; 蛴螬; 蝉; 蜣螂; 蝼蛄; 蜈蚣; 白颈蚯蚓; 蛙
《本草述钩元》卷二十八鳞部: 龙; 鲮鲤甲; 蛤蚧; 白花蛇; 乌梢蛇; 蛇蜕; 蚺蛇; 鲤鱼; 青鱼胆; 鳜鱼胆; 鲫鱼; 鳢鱼; 石首鱼; 鳝鱼; 鳗鲡鱼; 乌贼鱼骨
《本草述钩元》卷二十九介部: 龟; 鳖; 牡蛎; 真珠; 海蛤; 文蛤; 蚌粉; 田螺; 白蜗螺壳; 魁蛤; 玳瑁
《本草述钩元》卷三十禽部: 鸡; 鸡矢白; 鸭; 鹅胆; 雁肪; 白鸽; 雀; 巧妇; 伏翼; 夜明砂; 鹈鹕（即淘鹅）油; 五灵脂
《本草述钩元》卷三十一兽部: 马; 牛; 牛黄; 酪; 酥; 羊; 豕; 狗; 驴; 阿胶; 虎; 犀角; 象; 熊胆; 羚羊角; 鹿麋; 麝香; 兽部; 鼠
《本草述钩元》卷三十二人部: 发; 人屎; 人尿; 溺白; 秋石; 人乳; 人胞; 胞衣水; 坎气