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《本草蒙筌》总论: 出产择地土; 收采按时月; 藏留防耗坏; 贸易辨假真; 咀片分根梢; 制造资水火; 治疗用气味; 药剂别君臣; 四气; 五味; 七情; 七方; 十剂; 五用; 修合条例; 服饵先后; 各经主治引使; 用药法象
《本草蒙筌》卷之一草部上: 人参; 黄耆; 甘草; 白术; 生干地黄; 当归; 牛膝; 黄精; 远志; 石菖蒲; 天门冬; 麦门冬; 五味子; 菟丝子; 灵芝草; 甘菊花; 薏苡仁; 薯蓣; 石斛; 知母; 肉苁蓉; 补骨脂; 羌滑; 柴胡; 升麻; 车前子; 地肤子; 决明子; 蒺藜子; 蓝实; 天麻; 兰叶; 蒲黄; 卷; 何首乌; 益母草; 续断; 漏芦; 忍冬; 巴戟天; 耆实; 五加皮
《本草蒙筌》卷之二草部中: 芎; 芍药; 黄芩; 黄连; 桔梗; 栝蒌实; 贝母; 款冬蕊; 紫菀; 马兜铃; 木香; 大茴香; 香附子; 益智; 缩砂蜜; 草果; 肉豆蔻; 白豆蔻; 草豆蔻; 藿香; 高良姜; 胡椒; 防风; 防己; 紫苏; 荆芥; 白芷; 细辛; 麻黄; 葛根; 威灵仙; 秦艽; 本; 薄荷; 香薷; 萎蕤女萎; 耳实; 天名精; 防葵; 蛇床子; 草龙胆; 泽泻; 瞿麦; 通草; 玄参; 沙参; 丹参; 青葙子; 木贼; 恶实; 败酱; 白薇; 白前; 白鲜; 薇衔; 庵子; 狗脊; 茵陈蒿; 草蒿; 茅根; 仙茅; 甘蕉根; 景天; 徐长卿; 黄药根; 石龙; 石龙芮; 络石
《本草蒙筌》卷之三草部下: 附子; 天南星; 半夏; 京三棱; 蓬莪术; 骨碎补; 牡丹; 大小蓟; 刘寄奴草; 红蓝花; 延胡索; 郁金; 姜黄; 艾叶; 地榆; 紫草; 茜草; 马鞭草; 夏枯草; 百部; 百合; 前胡; 旋覆花; 大黄; 连翘; 射（音夜）干; 蓄; 苦参; 牵牛子; 葶苈; 泽兰; 葫芦巴; 萆; 预知子; 鹤虱; 酸浆实; 石韦; 海金沙; 海藻; 常山; 甘遂; 白蔹; 白芨; 白附子; 白头翁; 商陆; 王不留行; 蒲公草; 谷精草; 旱莲草; 金星草; 佛耳草; 灯笼草; 三白草; 灯心草; 蛇含草; 水荭草; 山茨菇根; 山豆根; 萱草根; 芦根; 菰根; 苎根; 羊蹄根; 芫花; 荛花; 贯众; 凫茨; 水萍; 大戟; 蚤休; 茹; 卫矛; 野狼毒; 淫羊藿; 羊踯躅; 藜芦; 莨（音浪）菪（音荡）子; 续随子; 蓖麻子; 荜拨; 鬼臼; 干苔; 鬼督邮; 蜀葵花; 大青; 王瓜
《本草蒙筌》卷之四木部: 桂; 柏实; 黄皮; 楮实; 淡竹叶; 松脂; 茯苓; 琥珀; 墨; 槐实; 枳实; 女贞实; 楝（音练）实; 蕤核; 浓朴; 桑根白皮; 樗根白皮; 榆皮; 秦皮; 海桐皮; 山栀子; 枸杞子; 辛荑; 酸枣; 杜仲; 山茱萸; 合欢; 接骨木; 木槿; 伏牛花; 南藤; 蔓荆实; 牡荆实; 猪苓; 紫葳; 南烛枝叶; 乌药; 茶茗; 蜀椒; 吴茱萸; 干漆; 钩藤; 槟榔; 大腹; 密蒙花; 棕榈子; 五倍子; 巴豆; 苏方木; 诃黎勒; 皂荚; 枫香脂; 麒麟竭; 沉香; 檀香; 安息香; 苏合香; 龙脑香; 乳香; 丁香; 胡桐泪; 阿魏; 芦荟; 没药; 木鳖子; 芜荑; 雷丸; 杉材; 没食子; 柳花; 使君子
《本草蒙筌》卷之五谷部: 粳米; 小麦米; 荞麦米; 粟米; 莺粟米; 杂谷米; 生大豆; 赤小豆; 白扁豆; 白油麻; 胡麻; 火麻子; 神曲; 酒; 醋; 酱; 饴糖; 浆水
《本草蒙筌》卷之六菜部: 冬葵子; 姜; 白芥; 莱菔根; 葱; 韭; 薤; 葫; 甜瓜; 白冬瓜; 瓠; 茄子; 蕨; 苋实; 胡荽; 水
《本草蒙筌》卷之七果部: 青橘皮; 桃核仁; 杏核仁; 木瓜实; 梅实; 梨; 大枣; 柿; 栗; 安石榴; 椰子; 荔枝肉; 龙眼肉; 榧; 枇杷叶; 郁李仁; 莲子; 鸡头实; 甘蔗; 覆盆子; 金樱子; 山查子; 橄榄; 葡萄; 白果; 胡桃肉
《本草蒙筌》卷之八石部: 玉屑; 玛瑙; 丹砂; 灵砂; 云母; 禹余粮; 紫白石英; 石膏; 空青; 石胆; 石硫黄; 雄黄; 雌黄; 赤石脂; 凝水石; 石钟乳; 代赭石; 井泉石; 花蕊石; 青礞石; 滑石; 矾石; 磁石; 石蟹; 无名异; 金屑; 银屑; 铅; 生铁; 蜜佗僧; 朴硝; 砒霜; 蓬砂; 砂; 食盐; 诸水; 伏龙肝; 东壁土; 锻石; 梁上尘
《本草蒙筌》卷之九兽部: 虎骨; 象牙; 白马茎; 牛黄; 驴屎; 阿胶; 猪肤; 野猪黄; 熊脂; 鹿茸; 犀角; 羊角; 羚羊角; 牡狗阴茎; 狐阴茎; 麝香; 獭肝; 腽肭脐; 鲮鲤甲; 皮; 兔头骨
《本草蒙筌》卷之十禽部: 丹雄鸡; 雉肉; 白鸭屎; 野鸭肉; 白鹅膏; 雁肪; 白鸽肉; 燕屎; 雀卵
《本草蒙筌》卷之十一虫鱼部: 伏翼; 蛤蚧; 牡鼠; 蚱蝉; 石蜜; 露蜂房; 五灵脂; 蝼蛄; 斑蝥; 蜗牛; 蝎; 蜘蛛; 木虻; 白僵蚕; 桑螵蛸; 蜈蚣; 白颈蚯蚓; 蟾蜍; 白花蛇; 龟甲; 鳖甲; 螃蟹; 珍珠; 蛤蜊; 文蛤; 牡蛎; 瓦垄子; 贝子; 田螺; 水蛭; 龙骨; 鲤鱼; 鲫鱼; 鳗鲡鱼; 乌贼鱼; 河豚鱼
《本草蒙筌》卷之十二人部: 紫河车; 人乳汁; 发; 人牙齿; 手爪甲; 人粪; 人溺; 天灵盖; 浣裤汁; 人精; 阴毛; 故尸枕